Sønderby ligger på halvön Bjerreherred, mellan Horsens och Juelsminde, och utanför ön Endelave.
Ajstrup, Alken, Amstrup, Andkær Vig, Bevtoft, Binderup, Bjolderup, Brunsnæs, Bryrup, Diernæs, Dyngby, Elvighøj, Flovt, Follerup, Frydenborg, Fynshav, Genner Strand, Grønninghoved, Gråsten, Hejlsminde, Hejsager, Hvidbjerg, Høruphav, Juelsminde, Kegnæs, Kelstrup, Kolding, Kollund, Købingsmark, Lavensby Strand, Loddenhøj, Lunderskov, Løjt, Mommark, Mørkholt, Norsminde, Nørre Kettingskov, Pårup/Silkeborg, Rendbjerg, Rinkenæs, Rude Strand, Ry, Rørbæk Sø, Saksild, Sandersvig, Silkeborg, Skanderborg, Skarrev, Skovmose, Skygge, Smedebæk, Sottrupskov, Sønderballe Hoved, Sønderby, Sønderhav, Truust, Varnæs, Vemmingbund, Vesterlund, Ørby Hage Strand, Aabenraa, Årø, Årøsund